過濾器的種類非常多，有的放在水族箱外，有的放在水中，有電動的，也有氣動的。大致可分為四類：

箱外過濾 (電動類)
箱外過濾器一般會放在水族箱的頂部，這種過濾器利用馬撻把水抽出，經過水槽，最後回流至水族箱中。

水中過濾 (電動類)
這類水中過濾器和箱外過濾器相似，只是把過濾器的體積縮少，放在水中進行過濾。水中過濾器通常作輔助過濾用途，因為它放在水中，清潔不太方便，大約每一至兩個月要清理一次。

水中過濾 (氣動類)
氣動類的水中過濾器利用空氣在水中向上升的浮力，帶動水流經過濾棉而達到過濾的效果。這類過濾器適用在一些小形的水族箱中，一方面打氣，一方面過濾，十分方更。亦可放在大水族箱中作輔助用途。

水中過濾器 (沙底過濾)
沙底過濾是在沙下放一塊隔沙板，利用氣動或馬達把水從沙底抽出，使水中的污物及微粒沉到沙中，不會四處漂浮。堆積的垃圾對水質不太好，要定時清潔。當清潔水族箱時，堆績在沙中的污物會很多，隨處漂浮，非常污染。市面亦有一些洗沙器，把它插進沙中，更可清洗。

錦鯉食量大，排泄量多，故使用箱外過濾最為合適。箱外過濾的另一優點是體積大，可以放置更多濾材，又方便清洗。